Las pesadillas y los fragmentos de recuerdos, con los que todavía no puede reconstruir su pasado, siguen atormentando a Jason Bourne. Durante dos años, Bourne y Marie se trasladan de una ciudad a otra, viviendo de manera anónima y clandestina, sin tener muy claro de qué o de quién están huyendo. Cuando un agente aparece por la villa en la que se han instalado, la pareja huye, pero algo hará cambiar la actitud de Bourne y enfrentarse a quienes le han dado caza todo este tiempo.